Dem Polizeipräsidenten nachgeordnet sind das Präsidialbüro, der Zentrale Psychologische Dienst und die drei Abteilungen, Einsatz, Personal und Versorgung.

Während das Präsidialbüro mit Grundsatz- und Rechtsfragen (PB 2), sowie der Presse- und Öffentlichkeitsarbeit (PB 1) bis hin zur Besucherbetreuung befasst ist, beschäftigt sich die Abteilung Personal u.a. mit Beamtenrecht, Personalhaushalt (P 1a), Dienstpostenbesetzungen, Personalwerbung (P 1b), Tarifrecht (P 2), Rechtsangelegenheiten und Früherkennung (P 3).

Die Abteilung Versorgung ist für Finanzen (V 1), Büroausstattung (V 2), Informations- und Kommunikationstechnik (V 3), Beschaffung und Instandhaltung des Materials, d.h. Kraftfahrzeuge, Waffen und Geräte (V 4) sowie Liegenschaften (V 5) zuständig.

In der Abteilung Einsatz werden grundsätzliche Fragen der Organisation und des Dienstbetriebes geregelt. Hier werden Einsätze geplant und gesteuert, sowie Strategien entwickelt. Drei regionale Abschnitte, gegliedert in Mitte, Ost und West mit insgesamt 26 zugeordneten Polizeiinspektionen, sind mit Schutzpolizeiaufgaben und der Bearbeitung der kleinen und mittleren Kriminalität betraut.

Sonderdienststellen wie z.B. das Spezialeinsatzkommando, die 3 Einsatzhundertschaften, sowie eine Diensthunde- und eine Reiterstaffel sind unter der Polizeiinspektion Spezialeinheiten und dem Abschnitt Zentrale Einsatzdienste zusammengefasst.

Dem Abschnitt Kriminalpolizei sind deliktsorientiert 12 Kriminalfachdezernate und 56 Kommissariate zugeordnet. Ihnen obliegt die Verhütung, Verfolgung und Aufklärung von Straftaten.

Die ständig steigende Zahl der polizeilichen Einsätze verlangt die Nutzung modernster Technik. Die Einsatzzentrale der Münchner Polizei arbeitet mit einem zentralen Einsatzleit- und Unterstützungssystem (ZEUS), das seit 1996 in Betrieb ist und zu den leistungsfähigsten seiner Art in der Bundesrepublik gehört.