Neben der Passkontrolle und der Überwachung des Grenzverkehrs hatte sie auch die so genannten “Grünen” Grenzen zu sichern, insbesondere zu den Nachbarn Tschechoslowakei und DDR. Dadurch sollten illegale Grenzübertritte und Schmuggel verhindert werden. Die Grenzpolizei sammelte ferner Nachrichten über Gefährdungen der Grenze. Für besondere Aufgaben wurden ab 1968 Grenzbeauftragte bestellt, die vor Ort Fragen zum Grenzverlauf regeln und Kontakte zu den Sicherheitsbehörden der Nachbarstaaten pflegen sollten.

Als Ausdruck bayerischer Eigenständigkeit wurde die Bayerische Grenzpolizei auch nach der Aufstellung des Bundesgrenzschutzes 1951 beibehalten. Lediglich der Zollgrenzdienst ging 1947/49 an die (Bundes-)Finanzverwaltung über. Auch zur angestrebten Eingliederung in die Land(es)polizei kam es lange nicht. Stattdessen übernahm die Bayerische Grenzpolizei in einem 30 Kilometer breiten Grenzstreifen bis 1960 schrittweise allgemeinpolizeiliche Vollzugsaufgaben. Ihr Personalstand erhöhte sich von anfangs rund 1.800 Bediensteten auf bis zu 3.200.

1990 fielen zunächst die Dienststellen entlang der Grenze zur ehemaligen DDR weg. Der Abbau der Grenzkontrollen zu Österreich führte schließlich 1998 zur Auflösung der Bayerischen Grenzpolizei als selbständigem Verband. Die verbliebenen grenzpolizeilichen Aufgaben erfüllen seitdem die Bayerische Landespolizei und das Bayerische Landeskriminalamt.